Το Δ.ΣΑΕΚ Σερρών είναι οργανωμένο σε πυραμίδα με διευθυντή κ. Βασίλειο Μιχαηλίδη και υποδιευθυντές τους κκ Γεωργιάδη Κωνσταντίνο και Ακριτίδη Χαράλαμπο που έχουν εξειδικευμένες αρμοδιότητες στα Τμήματα Διοικητικών Θεμάτων και Εκπαίδευσης & Κατάρτισης.
Ακόμη το Δ.ΣΑΕΚ Σερρών είναι οργανωμένο σε τμήματα με το αντίστοιχο διοικητικό προσωπικό ως εξής :
Τμήμα Γραμματείας
Δάμδαλη Ασιμίνα
Τμήμα Διοικητικών Θεμάτων
Τενεκετζή Σοφία
Ηλιόπουλος Σταύρος
Τμήμα Πρακτικής, Μαθητείας & Διασύνδεσης
Δημητριάδου Φωτεινή
Τμήμα Εκπαίδευσης & Κατάρτισης
Ηλιόπουλος Σταύρος
Μόνιμοι εκπαιδευτικοί
Κασαπίδου Αικατερίνη (ειδικότητα Βρεφονηπιοκόμων)
Κουτσουρίδης Κωνσταντίνος (ειδικότητα Οδοντιάτρων)